虫草的采挖是个艰难而细致的过程。虽然整个的采收期可能长达两个月，但对每一棵虫草而言适宜的采收期却只有短短几天。如果过早采挖，虫草孢子还没有成熟，有效成分含量会很低，因而药用价值也就大打折扣。如果过迟，孢子飞散、子座枯萎同样也不合药用，而且那时积雪融化，也很难寻找。所以为了便于寻找和保证质量，最好在积雪还未融化、虫草生长最旺盛而孢子又还没有飞散的时候采挖。
在海拔4000米以上的雪原上，即使最丰富的产地虫草的密度也不高。运气好的话，在一平米大的地方可能发现20多根。而现在更可能的情况是翻遍了上百公里的雪原也没有找到一根。一公斤虫草大约是2500—3600根，这对一个有经验又有运气的本地人来说在以前可能只要一、两天，而现在起码需要三十到四十天。
采收加工：野生冬虫夏草于夏至前后，当积雪尚未融化时入山采集，此时子座多露于雪面，过迟则积雪融化，杂草生长，不易找寻，且土中的虫体枯萎，不含药用。挖起后，在虫体潮湿未干时，除去外层的泥土及膜皮，晒干。或再用黄酒喷之使软，整理平直，每7～8条用红线扎成小把，用微火烘干。
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