一般家庭每次购买的虫草量都会比一次服用量稍多一点，这就需要注意虫草的储藏了。
虫草受潮后要化苗，即虫体成空过壳，捏后变扁，但虫草质量降低。若用白酒喷撒虫草(每千克用250ml酒)，喷后再喷水，用硫磺熏，可保几个月不化苗。发现虫草受潮后，应立即曝晒。若生虫，可用硫磺熏之，或用炭火微微烘焙，事后筛去害虫虫体与蛀屑。虫草保存不宜过久，过久则药效降低。
80年代以来，我国各地逐步应用了除氧保鲜技术，并应用于冬虫夏草的保管。研究表明，采用除氧保鲜养护的虫草，在长达2年的贮藏期内，品质完好，无虫蛀、无损耗。与氯化苦熏蒸法相比，有很多优点，不但虫草粗蛋白质总含量较后者为高，而且无毒、无害，杀虫灭菌迅速彻底，不影响虫草的有效成分和商品质量，还方便贮藏与检查，安全性强。
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